Nel 1808 un gruppo di studiosi decise di ridare vita all'Accademia e con un'adunanza del 4 Marzo 1808 si deliberò di chiamarla Società Pontaniana eleggendone Vincenzo Cuoco Presidente. Questi, già molto impegnato nel lavoro di direttore del Corriere di Napoli e del Monitore Napoletano, ne cedette la presidenza a Domenico Sansone e questi poi a Giovan Battista Gagliardi.
Il 21 Dicembre 1808 la Società approvò il suo Statuto e fu suddivisa in tre Classi: Matematica e Fisica, Scienze Morali e Politiche, Letteratura e Belle Arti.
Negli 8 anni successivi furono pubblicati due volumi di Atti e nel 1817 la Società fu riconosciuta ufficialmente con Regio Decreto; lo Statuto venne riformato e le Classi accresciute a cinque: Matematica, Scienze Naturali, Scienze Morali ed Economiche, Storia, Letteratura Italiana e Belle Arti.
Nel 1819 apparve un terzo volume di Atti, un quarto nel 1823.
Il 10 Ottobre 1825, con un Decreto del Re Francesco I, la Società Pontaniana fu ribattezzata, come ai tempi del Pontano, "Accademia Pontaniana". Ad essa si fondeva l'allora disciolta Società Sebezia e il 27 Aprile del 1826 l'accresciuta Pontaniana, presieduta da Ferdinando Visconti, tenne una solenne seduta inaugurale. Fu per la Pontaniana un periodo florido durante il quale furono pubblicati con periodicità regolare diversi volumi di Atti.