I compiti istituzionali dell'Accademia Pontaniana come previsto dallo statuto approvato con D.P.R. n.668 del 27/7/1972, possono essere sintetizzati nei due seguenti e fondamentali punti:
- coltivare le "scienze, le lettere e le arti" allo scopo di far rivivere lo spirito umanistico dei suoi fondatori del secolo XV;
- curare la conoscenza, la conservazione e lo sviluppo del Mezzogiorno d'Italia inteso come unicum culturale, simbiosi fra la composita civiltà europea e l'antica cultura mediterranea.

L'Accademia, divisa in cinque classi, comprende tre ordini di soci:
- ordinari residenti (20 per classe),
- ordinari non residenti (10 per classe),
- corrispondenti (20 per classe).
L'Accademia è retta da un Consiglio di Amministrazione che dura in carica tre anni. L'attuale triennio di riferimento è 2011-2013.